Из утраченного большей частью творческого наследия Нуниса Гарсии, насчитывающего примерно 35 крупных сочинений религиозного плана, наи-более значительными являются Stabat Mater (1809), Те Deum (1815), Misa de Difuntos (на смерть своей матери, 1816), месса «Santa Cecilia» (1826) — последнее и одно из самых масштабных его произведений. Вместе с тем композитор не замыкался только на сочинении духовной музыки. Он автор двенадцати дивертисментов для духового оркестра, увертюры «Земира» (1803), музыки к театральному спектаклю «Триумф Америки» (1809) и героической драме «Улис- сейя», сочиненных на службе при королевском дворе, нескольких произведений для оркестра. Далеко не все из написанного Нунисом Гарсией сохранилось: некоторые из сочинений подверглись более поздним переработкам в практических целях религиозной службы, приведшим к утрате авторского имени, другие были просто потеряны . Нунис Гарсиа изучал и пропагандировал музыку

ведущих европейских композиторов, был первым исполнителем в Бразилии «Реквиема» В. А. Моцарта (1819) и оратории «Сотворение мира» Й. Гайдна (1821). Его произведения обнаруживают руку мастера, свободно владеющего контрапунктом; в скупых канонических текстах церковной литургии он мог выразить широкую гамму человеческих чувств (см. в качестве примера несколько тактов Benedictus из реквиема):