По возвращении в 1937 году в Мексику Мабарак поступает в Национальную консерваторию музыки, где одним из его педагогов, в частности по оркестрововому классу, становится Сильвестре Ревуэльтас. С 1942 года Мабарак — педагог Национальной консерватории. Немаловажной в его становлении стала также помощь Карлоса Чавеса, по заказу которого в 1945 году он пишет «Симфонию в Ми-бемоль». В 1947 году Институт изящных искусств направляет Мабарака в провинции Мексики для изучения фольклора. Собранные материалы стали базовыми при создании ряда балетов Мабарака на сюжеты из индейских легенд, среди которых «Баллада о птице и девушках», «Баллада об олене и луне», «Магическая баллада, или Танец четырех времен года» и «Баллада о кетцалях», музыка которых выдержана в национальном стиле с немалой дозой «индейского колорита».

В 1953—1956 годах Мабарак совершенствуется в Париже, где под руководством Рене Лейбовица знакомится с додекафонной техникой. Так начинается второй период его творчества (1956—1976), на протяжении которого появляется ряд сочинений с использованием сериальной техники, а также электронной и конкретной музыки, в частности балет «Рай для повешенных» (1960), первое мексиканское произведение подобного рода . Богатой фантазией, драматизмом и тщательной отделкой деталей партитуры отличается опера Маба- рака «Месса шести» (1961) на текст Эмилио Карбальидо, ставшая важным вкладом в современное мексиканское оперное искусство .