Он автор оперы «Колдунья Сайка» (поставлена в Буэнос-Айресе, 1920), балета «Тростник» на сюжет легенды индейцев гуарани, Симфонии ля мажор (1947), симфонических поэм «Среди гор» (1922) и «Мятежная вода» (1931), оркестровой сюиты «О моей земле» (1947), Концерта для скрипки с оркестром (1964), ряда камерно-инструментальных сочинений. Немало поэтичных страниц содержит вокальная лирика Угарте, в частности цикл «Аргентинские баллады» для голоса и фортепиано на собственные тексты. Флоро Мануэль Угарте — лауреат многих национальных премий, его произведения включали в свои концертные программы крупнейшие дирижеры XX века — Рихард Штраус, Вильгельм Фуртвенглер, Эрих Клайбер.

В 1929 году несколько ведущих аргентинских композиторов объединились в так называемую «Группу музыкального обновления», ядро которой составили братья Хосе Мария, Хуан Хосе и Вашингтон Кастро, к которым присоединились Хакобо Фишер, Луис Джаннео, Онорио Сиккарди, Хуан Карлос Пас и ряд других музыкантов. Первоначально группа выступила с единой платформой, провозгласив необходимость обновления содержания и выразительных средств аргентинской музыки. Члены группы не порывали с национальными традициями, заложенными их предшественниками, но, видя в «фольклорном этапе» лишь необходимый переходный период и считая его исчерпанным, стремились преодолеть как ограниченный провинциализм фольклорного этнографизма, так и известный академизм европейской ориентации, свойственный школе Альберта Вильямса.